Očkováním se většinou snažíme v organismu napodobit situaci, která vzniká při infekci. Aktivní složka vakcíny (antigen) pronikne do organismu a z místa aplikace se pomocí speciálních buněk dostane do spádových mízních uzlin. A právě tam začíná stimulovat imunitní systém. Podle povahy antigenu se vytvářejí buď protilátky, nebo buňky, které si antigen pamatují a dovedou proti němu bojovat. Tyto prvotní procesy trvají přibližně týden. Pak přijde na řadu velmi účinný přenos informací mezi danou mízní uzlinou a slezinou. Dochází k další tvorbě protilátek a zpřesnění práce ochranných buněk. Opakované podání vakcíny zvyšuje hladinu protilátek a dále zpřesňuje práci ochranných buněk. Trvání vzniklé ochrany závisí na typu vakcíny a inkubační době infekce.
Při použití živé oslabené vakcíny může být imunita doživotní i po podání jedné dávky. Původce se v organismu množí jako při skutečné infekci a imunitní systém silně povzbuzuje. Při použití neživých vakcín je však třeba podat více dávek, obvykle dvě nebo tři, a pak pravidelně přeočkovávat, aby byla schopnost imunitní reakce udržena.
Pokud jde o choroby s dlouhou inkubační dobou, stačí podat vakcínu, která už po základním očkování navodí tzv. imunologickou paměť. I po několika letech, kdy poklesne hladina protilátek nebo ochranných buněk pod úroveň nutnou k okamžité imunitní reakci, zůstanou v organismu buňky paměťové. Po proniknutí původce s dlouhou inkubační dobou pak má dostatek času na obnovení reakce podle paměťových buněk, zatímco útočník se pomalu množí, a než se dostane ke slovu, imunitní systém ho zlikviduje. Na tomto principu je založeno zejména očkování proti infekční žloutence typu B.
Zdroj: BERAN, Jiří. Očkování: otázky a odpovědi. Praha: Galén, c2006. ISBN 80-7262-380-X.