Vývoj vakcín využívá mnoho různých technologií, které jsou založeny na dostupných informacích o mikrobech, například o způsobu, jakým infikují buňky nebo jak imunitní systém na infekci odpovídá. Rozhoduje ale více faktorů.
Rozlišujeme:
Živé oslabené vakcíny obsahují jakousi „zneškodněnou verzi“ živého viru, který po průniku do organismu nezpůsobí onemocnění, ale jinak proběhne „infekce“ obdobná přirozené infekci divokým kmenem viru. Tyto vakcíny jsou velmi účinné, navozují silnou buněčnou i protilátkovou odpověď, která může být doživotní i po jedné nebo dvou dávkách.
Mají však i své nevýhody: mikrob může u oslabených osob způsobit nebezpečnou infekci. Proto jimi nemohou být očkováni všichni – osoby s poruchami imunitního systému by se vystavily neúměrnému nebezpečí. Další nevýhodou je náročné skladování: živé vakcíny musejí být zmražené, což při dlouhé přepravě není vždy možné.
Mezi živé vakcíny patří například M-M-R (očkovací látka proti příušnicím, zarděnkám a spalničkám). Viry se tímto způsobem zpracovávají snadno, protože jsou velmi jednoduché a mají jen pár genů, které lze snadno ovlivnit. Horší je to s bakteriemi, u kterých je nutné odstranit tisíce genů, aby vytvořily bezpečnou živou vakcínu. Takovýto postup byl využit při vývoji cholerové vakcíny.
Inaktivované vakcíny
Inaktivovaná vakcína obsahuje mrtvé mikroby, které již nemohou mutovat a nepotřebují zmražení, proto jsou bezpečné a snadno se s nimi manipuluje. Imunitní odpověď však bývá slabší a je nutné přeočkovávání.
Podjednotkové vakcíny
Podjednotkové vakcíny obsahují místo celých mikrobů jen jejich části, podle kterých je mohou imunitní buňky identifikovat. Mají nižší riziko nežádoucích účinků. Mohou obsahovat od jednoho do dvaceti různých antigenů, ale hádat, který z nich bude mít ochranný účinek, je těžké a zdlouhavé. Jednoduchá není ani výroba: Buď se provádí laboratorním namnožením původců, rozbitím „na součástky“ a vytříděním použitelných částí, nebo novotvorbou „součástek“ pomocí zařazení kódující DNA do genetické informace živých bakterií.
Příkladem je vakcína proti infekční žloutence typu B.
Toxoidové vakcíny
Bakterie, které způsobují onemocnění prostřednictvím toxinů, jsou vhodnými kandidáty pro toxoidové vakcíny. Toxiny lze inaktivovat (zneškodnit) formalinem (organickou chemikálií) a poté použít k očkování. Imunitní systém se po jejich podání naučí, jak bojovat s aktivním toxinem, a po průniku mikroba sice dojde k infekci, ale nikoli k nemoci. Je zřejmé, že očkování toxoidovými vakcínami nevede k likvidaci původce.
Konjugované vakcíny
Konjugované vakcíny jsou namířeny proti polysacharidovým obalům mikrobů, tedy těm, které obsahují dlouhé řetězce cukrů. Vakcína se skládá z těchto řetězců a jejich prostřednictvím se imunitní systém naučí bojovat proti daným mikrobům. Příkladem je vakcína proti bakterii Haemophilus influenzae – původci hemofilových infekcí.
Experimentálně se pracuje i s DNA vakcínami a vektorovými vakcínami.